Η δυσανεξία στο μητρικό γάλα δεν είναι συνήθης, ωστόσο εμφανίζεται σε ορισμένα βρέφη. Τα συμπτώματα μπορεί να οφείλονται σε αλλεργική αντίδραση ή σε δυσανεξία σε κάποιο συστατικό της δίαιτας της μητέρας το οποίο μεταφέρεται στο γάλα. Η ευαισθητοποίηση μπορεί να προκληθεί στο έμβρυο κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Η αλλεργία στο μητρικό γάλα, εμφανίζεται συνήθως σε βρέφη με οικογενειακό ιστορικό αλλεργίας.
Το αγελαδινό γάλα και τα αυγά είναι τα συχνότερα απαντώμενα αλλεργιογόνα στο μητρικό γάλα, τα συστατικά των οποίων μεταφέρονται σε αυτό από την τροφή της μητέρας. Τροφικές δυσανεξίες στα βρέφη που δεν αποδείχθηκαν σαν αλλεργίες έχουν συνδεθεί με διάφορα τρόφιμα του διαιτολογίου της μητέρας όπως είναι τα μήλα, οι μπανάνες, ο καφές, το τσάι, οι φράουλες, το λάχανο, τα κρεμμύδια, το σκόρδο, τα ραδίκια, το σπανάκι και διάφορα μπαχαρικά. Η αιτία της τροφικής δυσανεξίας πρέπει να ερευνηθεί πριν σταματήσει το βρέφος να θηλάζει. Εάν το βρέφος εκτός από το μητρικό γάλα, παίρνει και κάπιο συμπλήρωμα, τότε θα πρέπει πρώτα να αποκλεισθεί η αντίδραση στο συμπλήρωμα αυτό. Εάν απαιτείται οπωσδήποτε κάπιο διαιτητικό συμπλήρωμα συνίσταται ένα υποαλλεργικό συμπλήρωμα από υδρολυμένη πρωτείνη.
Εάν τα συμπτώματα απιμένουν αυτά που θεωρούνται σαν ύποπτα αλλεργιογόνα τρόφιμα θα πρέπει να αποκλεισθούν επί μια εβδομάδα από το διαιτολόγιο της μητέρας. Εάν τα συμπτώματ του βρέφους εξαφανισθούν θα πρέπει να γίνει ξανά πρόκληση και εξαφάνιση των συμπτωμάτων για να προσδιορισθεί επακριβώς το αλλεργτιογόνο τρόφιμο. Εάν ο περιορισμός στο διαιτολόγιο της μητέρας είναι εκτεταμένος τότε θα πρέει να της χορηγηθεί διαιτητικό συμπλήρωμα. Τα αλλεργιογόνα τρόφιμα πρέπει να αποκλεισθούν επί έξι μήνες και από το διαιτολόγιο του βρέφους. Εάν δεν εμφανίσει συμπτώματα αυτό το διάστημα τα αποκλεισθένα τρόφιμα επανεισάγονται στο διαιτολόγιο του. Εάν παρόλο τον αποκλεισμό των υπόπτων τροφίμων από το διαιτολόγιο της μητέρας και του βρέφους τα συμπτώματα εξακολουθούν να υφίστανται και εφόσον έχουν αποκλεισθεί άλλες αιτίες για την πρόκληση τους τότε θα πρέπει να σταματήσει ο θηλασμός και να δοθεί στο βρέφος ένα σκεύασμα υποκατάστατο μητρικού γάλακτος από υδρολυμένη πρωτείνη.
