Στους ιστορικούς χρόνους, ο πρώτος που υπενθύμισε στους Αθηναίους το χρέος τους προς τον ήρωα ήταν ο Πεισίστρατος. Το 475 π.Χ., όταν ο Κίμων εξεστράτευσε κατά της Σκύρου και την κατέλαβε, άρχισε να ψάχνει όλο το νησί για να βρει τον τάφο του Θησέα. Είχε πια απελπιστεί, όταν είδε ξαφνικά έναν αετό να προσγειώνεται σε ένα λόφο, να τον σκαλίζει με τα νύχια του και να τον κτυπά με το ράμφος του. Ο Κίμων το θεώρησε θεϊκό σημάδι, έσκαψε εκεί και ανακάλυψε μία παλιά μεγάλη σαρκοφάγο και κοντά της την αιχμή μιας λόγχης και ένα ξίφος. Πίστεψε ότι ανήκαν στον Θησέα και τα μετέφερε με την τριήρη του στην Αθήνα.
Οι Αθηναίοι τον υποδέχθηκαν με λαμπρές τελετές και εναπέθεσαν με ευλάβεια τα λείψανα στο «Θησείον», το ηρώο που έκτισαν για τον σκοπό αυτό «εν μέσει πόλει» (κατά τον Πλούταρχο, κοντά δηλαδή στον βωμό των 12 θεών). Ακόμα, όρισαν τις 8 Πυανεψιώνος ως ημερομηνία προσφοράς της μέγιστης θυσίας, επειδή η ημέρα εκείνη ήταν η επέτειος της επιστροφής του από την Κρήτη, και τις 8 του κάθε μήνα να τιμάται η μνήμη του (ιδιαίτερα στις 8 Εκατομβαιώνος, ημερομηνία που ο ήρωας πρωτοήλθε στην Αθήνα από την Τροιζήνα).
Θησείο και ο Ναός του Ηφαίστου
Στην κορυφή του λόφου του Αγοραίου Κολωνού, που οριοθετεί την Αρχαία Αγορά των Αθηνών στη δυτική πλευρά, βρίσκεται ο ναός του Ηφαίστου, ευρύτερα γνωστός ως ”Θησείο”. Πρόκειται για έναν από τους καλύτερα διατηρημένους αρχαίους ναούς, γεγονός που οφείλεται εν μέρει και στη μετατροπή του σε χριστιανική εκκλησία. Σύμφωνα με τον περιηγητή Παυσανία (I, 14, 5-6), στο ναό λατρεύονταν από κοινού ο Ήφαιστος, προστάτης των μεταλλουργών, και η Αθηνά Εργάνη, προστάτρια των κεραμέων και της οικοτεχνίας.
Την ταύτιση του ναού ως ”Ηφαιστείο” επιβεβαίωσε η ανασκαφική έρευνα με την αποκάλυψη εργαστηρίων μεταλλουργίας στην ευρύτερη περιοχή του λόφου, επισκιάζοντας, έτσι, παλαιότερες απόψεις, που αναγνώριζαν ως λατρευόμενες θεότητες το Θησέα, τον Ηρακλή ή τον Άρη. Η οικοδόμηση του ναού πρέπει να πραγματοποιήθηκε ανάμεσα στα έτη 460-420 π.Χ. από άγνωστο αρχιτέκτονα, στον οποίο, όμως, αποδίδονται και άλλοι ναοί στην Αττική, με παρόμοια κατασκευή.
Ο ναός διέθετε πρόναο και οπισθόδομο, δίστυλους εν παραστάσι. Εξωτερικά περιβαλλόταν από την περίσταση, μια δωρική κιονοστοιχία, με 6 κίονες στις στενές πλευρές και 13 στις μακρές. Ολόκληρο το οικοδόμημα, από την κρηπίδα έως και την οροφή, ήταν κατασκευασμένο από πεντελικό μάρμαρο, ενώ τα αρχιτεκτονικά γλυπτά που το κοσμούσαν ήταν από Παριανό μάρμαρο.
Στο εσωτερικό του σηκού υπήρχε δίτονη κιονοστοιχία σε σχήμα Π και στο βάθος του υπήρχε βάθρο, επάνω στο οποίο στέκονταν τα ορειχάλκινα λατρευτικά αγάλματα του Ηφαίστου και της Αθηνάς, έργα του γλύπτη Αλκαμένη, σύμφωνα με τον Παυσανία, τα οποία πρέπει να φιλοτεχνήθηκαν ανάμεσα στα έτη 421-415 π.Χ. Ο ναός έφερε πλούσιο γλυπτικό διάκοσμο. Από τα αρχιτεκτονικά γλυπτά ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι μετόπες, που κοσμούσαν την ανατολική πλευρά της περίστασης εξωτερικά και παριστάνουν τους εννέα άθλους του Ηρακλή.
Σε συνέχεια αυτών, στη βόρεια και στη νότια πλευρά, εικονίζονται από τέσσερις άθλοι του Θησέα, σκηνές από τις οποίες προέκυψε η λαϊκή ονομασία ”Θησείο” για το ναό. Η ζωφόρος δεν διατρέχει τις τέσσερις πλευρές του σηκού, αλλά μόνο τον πρόναο και τον οπισθόδομο. Στον πρόναο παριστάνεται ο νικηφόρος αγώνας του Θησέα κατά των απαιτητών του θρόνου, των 50 υιών του Πάλλαντα, στον οποίο παρίστανται και έξι θεοί του Ολύμπου.
Στον οπισθόδομο, στο πλάτος του σηκού, παριστάνεται η Κενταυρομαχία. Αξιόλογες γλυπτικές παραστάσεις κοσμούσαν, επίσης, και τα αετώματα του ναού. Στο δυτικό παριστανόταν η Κενταυρομαχία και στο ανατολικό η υποδοχή του Ηρακλή στον Όλυμπο ή η γέννηση της Αθηνάς.
Ορισμένα από τα γλυπτά αυτά αναγνωρίζονται σε αγάλματα που βρέθηκαν στην περιοχή του ναού, όπως το αποσπασματικά σωζόμενο σύμπλεγμα δύο γυναικείων μορφών, από τις οποίες η μια μεταφέρει στον ώμο της την άλλη, σαν να προσπαθεί να τη σώσει (”Eφεδρισμός”, Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς, αρ. ευρ. S 429), και ο κορμός μιας ενδεδυμένης γυναικείας μορφής με έντονο το στοιχείο της κίνησης, που θα μπορούσε να είναι ένα από τα ακρωτήρια του ναού (”Νηρηίδα”, Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς, αρ. ευρ. S 182).
Κατά τους Ελληνιστικούς χρόνους γύρω από το ναό φυτεύθηκαν θάμνοι ή μικρά δένδρα σε παράλληλες σειρές, μέσα σε γλάστρες, οι οποίες ήλθαν στο φως κατά τις ανασκαφές. Τον 7ο αι. μ.Χ. ο ναός μετατράπηκε σε εκκλησία του Αγίου Γεωργίου του Ακάμα και λειτούργησε έτσι έως την απελευθέρωση της Ελλάδας από τους Τούρκους.
Κατά το 18ο αιώνα μέσα στο κτήριο ενταφιάσθηκαν πολλοί επιφανείς προτεστάντες, που πέθαναν στην Αθήνα, ενώ το 1834 πραγματοποιήθηκε εδώ η τελετή υποδοχής του βασιλιά Όθωνα. Έκτοτε ο ναός λειτούργησε ως αρχαιολογικό μουσείο, μέχρι την έναρξη των ανασκαφών της Αμερικανικής Σχολής στην Αρχαία Αγορά, το 1930.
