Ξεχωριστής ομορφιάς φαράγγια διασχίζουν τα όρη και τις οροσειρές του νομού: το Κουρταλιώτικο που έχει μήκος 3 χιλιόμετρα και καταλήγει στην περίφημη Λίμνη του Πρέβελη, το φαράγγι του Κοτσυφού που ξεκινά από το χωριό Κάννεβος και καταλήγει στο χωριό Σελλιά, το φαράγγι της Πατσού στο Αμάρι, των Πρασσών που καταλήγει στον Πλατανιά στη βόρεια παραλία ανατολικά της πόλης του Ρεθύμνου, το Αρκαδιώτικο, των Βεδέρων των Μύλων και άλλα μικρότερα.
Το Κουρταλιώτικο φαράγγι με τις επιβλητικές πλαγιές που φθάνουν τα 600 μέτρα, έχει είσοδο από το χωριό Κοξαρέ και καταλήγει στη λίμνη του Πρέβελη. Είναι ένα θαυμάσιο φαράγγι που αξίζει κανείς να επισκεφθεί.
Ακολουθώντας τα σκαλοπάτια που βρίσκονται πλευρικά του δρόμου Κοξαρέ – Ασώματος φθάνουμε στο βάθος του φαραγγιού, όπου βρίσκεται η εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Το φαράγγι διασχίζει ο Μεγάλος Ποταμός που στο σημείο αυτό ονομάζεται Κουρταλιώτης.
Το φαράγγι του Κοτσυφού ξεκινάει από το χωριό Κάννεβος και καταλήγει στον Πλακιά. Στο σημείο της αφετηρίας του είναι πολύ στενό με πλάτος περίπου 10μ. το οποίο σταδιακά αυξάνεται και φθάνει τα 600μ.. Το συνολικό του μήκος είναι 1.800 μ., και οι σχεδόν κατακόρυφες πλευρές του φθάνουν το ύψος των 600. Μέσα στο φαράγγι υπάρχει μικρός ναός, χτισμένος μέσα σε βραχώδη κοιλότητα.
To φαράγγι της Πατσού, εύκολο στη διάβασή του και αξιοποιημένο από τη δασική υπηρεσία σε συνδυασμό με την σπηλαιώδη εκκλησία του Αγ. Αντωνίου, αποτελεί εξαιρετικό προορισμό για μικρές εκδρομές και πικ-νικ.
Το Αρκαδιώτικο φαράγγι ξεκινά από τη Μονή Αρκαδίου και μέσα από μια πανέμορφη διαδρομή καταλήγει στο χωριό Πίκρης όπου ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει σημαντικά βενετσιάνικα αρχιτεκτονικά στοιχεία.
Τέλος το Πρασσανό φαράγγι που ξεκινά νότια του χωριού Πρασσές προσφέρει μια τρίωρη διαδρομή μέσα από εντυπωσιακά τοιχώματα βράχων και μερικές σχετικά δύσβατες προσπελάσεις που κάνουν το πέρασμά του εξαιρετικά ενδιαφέρον.
