Επικεφαλής του 2ου ομίλου του Europa League θα είναι ο Ολυμπιακός, όπως προέκυψε από την κλήρωση που διενεργήθηκε το μεσημέρι της Παρασκευής στο Μονακό. Οι «ερυθρόλευκοι» θα αντιμετωπίσουν τον πρωταθλητή Κύπρου ΑΠΟΕΛ, την ελβετική Γιουνγκ Μπόις και την Αστάνα από το Καζακστάν.
Ο ΠΑΟΚ θα αγωνιστεί στον 10ο όμιλο κόντρα στην ιταλική Φιορεντίνα, την τσεχική Σλόβαν Λίμπερετς και την Καραμπάχ από το Αζερμπαϊτζάν.
Τέλος, ο Παναθηναϊκός είχε αναμενόμενα την θεωρητικά πιο δύσκολη κλήρωση, καθώς βρίσκεται στον 7ο όμιλο μαζί με τον Αγιαξ, τη Σταντάρ Λιέγης και την ισπανική Θέλτα.
Η πρώτη αγωνιστική των ομίλων είναι προγραμματισμένη για τις 15 Σεπτεμβρίου, η 6η και τελευταία αγωνιστική θα λάβει χώρα στις 8 Δεκεμβρίου με τους δύο πρώτους κάθε ομίλου να προκρίνονται στη φάση των «32».
Ο τελικός της διοργάνωσης θα διεξαχθεί στις 24 Μαΐου 2017 στη Στοκχόλμη.
