Στο νομό Ρεθύμνης τόσο κατά την παλαιοχριστιανική όσο και κατά τη βυζαντινή περίοδο ανεγέρθηκε πληθώρα εκκλησιών και μοναστηριών. Οι Βυζαντινές εκκλησίες υπολογίζονται γύρω στις 300 και τα μοναστήρια γύρω στα 30. Ο αρχιτεκτονικός τύπος που επικράτησε κατά την παλαιοχριστιανική περίοδο ήταν οι λεγόμενες «βασιλικές» που ήταν ξυλόστεγες και τρίκλιτες με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος.
Στο Ρέθυμνο έχουν εντοπισθεί υπολείμματα από 18 βασιλικές αυτού του τύπου. Ο αρχιτεκτονικός ωστόσο τύπος που επικράτησε σε όλη τη διάρκεια της βυζαντινής περιόδου ήταν ο σταυροειδής με τρούλο που εντοπίζεται από τον 9ο μ.Χ. αιώνα έως και την εποχή της βενετοκρατίας. Σταυροειδείς με τρούλο αλλά και μονόχωρες με τρούλο εκκλησίες συναντώνται διάσπαρτες σ΄ όλο το νομό και αποτελούν ένα πραγματικό στολίδι της ρεθεμνιώτικης υπαίθρου. Πέρα όμως από το αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον των παλαιοχριστιανικών και βυζαντινών εκκλησιών, εξαιρετικής σπουδαιότητας είναι και ο διάκοσμος του εσωτερικού τους: ψηφιδωτά στις παλαιοχριστιανικές βασιλικές και τοιχογραφίες στις βυζαντινές εκκλησίες. Τα θέματα των ψηφιδωτών είναι κατά κανόνα γεωμετρικά ή παρμένα από το φυτικό και το ζωικό βασίλειο. Στις τοιχογραφίες, που κοσμούν τις εκκλησίες μετά τον 11ο αι., τα εικονογραφικά θέματα είναι αφηγηματικά.
Η τεχνοτροπία τους καθώς και ο τρόπος διαχείρισης του υλικού διαφοροποιείται ανάλογα με την εποχή. Αυτό γίνεται εμφανέστερο στην περίοδο της Κρητικής Αναγέννησης, όταν δηλαδή από τον 15ο αιώνα και μετά η βυζαντινή εικονογραφική και τεχνοτροπική παράδοση αρχίζει να εμπλουτίζεται με δυτικά, αναγεννησιακά στοιχεία.
Επειδή ο αριθμός των εκκλησιών, όπως ήδη αναφέρθηκε, είναι πολύ μεγάλος θα περιοριστούμε στο να παρουσιάσουμε ορισμένες από τις πιο χαρακτηριστικές.
Παλαιοχριστιανική Βασιλική Πανόρμου:
Στα ΝΔ του χωριού Πάνορμο που βρίσκεται σε απόσταση 30 χιλ. ανατολικά του Ρεθύμνου ανεσκάφη το 1948 η μεγαλύτερη παλαιοχριστιανική εκκλησία της Κρήτης. Πρόκειται για μια ξυλόστεγη βασιλική του 5ου μ.Χ αιώνα που ήταν αφιερωμένη στην Αγία Σοφία.
Παλαιοχριστιανική Βασιλική Γουλεδιανών:
Στη θέση Ονυθέ, στα ΝΑ του χωριού Γουλεδιανά που βρίσκεται σε απόσταση 18 χιλ. από το Ρέθυμνο, έχει αποκαλυφθεί τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική με πλούσιο ψηφιδωτό διάκοσμο. Χρονολογείται στον 6ο ή 7ο μ.Χ. αιώνα.
Παλαιοχριστιανική Βασιλική Αρχαίας Ελεύθερνας:
Βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Ελεύθερνας, στη θέση Κατσίβελος. Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική με πλούσιο ψηφιδωτό διάκοσμο που χρονολογείται στον 6ο ή 7ο μ.Χ. αιώνα.
Άγιος Ιωάννης στο Γερακάρι Αμαρίου:
Έξω από το χωριό Γερακάρι που απέχει 41χιλ. από το Ρέθυμνο, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου που χρονολογείται στον 13ο μ.Χ. αιώνα. Πρόκειται για μονόχωρη εκκλησία με κεραμοσκεπή, με μεταγενέστερο νάρθηκα μετά τρούλου. Ο τοιχογραφικός διάκοσμος της εκκλησίας παρουσιάζει εξαιρετικό ενδιαφέρον
Άγιος Δημήτριος στο ομώνυμο χωριό:
Στο χωριό Άγιος Δημήτριος, σε απόσταση 10 χιλ ανατολικά του Ρεθύμνου, στο δρόμο Ρέθυμνο -Αρκάδι, βρίσκεται η σταυροειδής , εγγεγραμμένη με τρούλο εκκλησία του Αγίου Δημητρίου που χρονολογείται στον 11ο μ.Χ. αιώνα.
Παναγία στα Ρούστικα:
Στο χωριό Ρούστικα που απέχει 21 χιλ. από το Ρέθυμνο, στη θέση Λιβάδι, υπάρχει δίκλιτος ναός αφιερωμένος στην Παναγία και τον Σωτήρα Χριστό. Ο ναός είναι κατάγραφος με τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο 1381. Στο κωδωνοστάσιο υπάρχει η χρονολογία 1627.
Κερά Παναγιά στο Νεφς Αμάρι:
Στην ευρύτερη περιοχή του χωριού Νεφς Αμάρι, βρίσκεται η τρίκλιτη βασιλική της Κερά Παναγιάς που χτίστηκε στη θέση παλαιότερης σταυροειδούς με τρούλο εκκλησίας του 13ου μ.Χ. αιώνα. Το νότιο κλίτος με το εντυπωσιακό θύρωμα και τα οικόσημα της οικογένειας των Καλλέργηδων είναι προφανές ότι είναι υστερότερο και χρονολογείται στο 15ο μ.Χ. αι.
Παναγία στην Λαμπηνή:
Στο χωριό Λαμπηνή, σε απόσταση 27 χιλ. στο δρόμο από το Ρέθυμνο προς το Σπήλι, βρίσκεται η σταυροειδής, εγγεγραμμένη με τρούλο εκκλησία της Παναγίας, με τοιχογραφίες του 12ου και 14ου μ.Χ. αιώνα. Πρόκειται για επισκοπικό ναό μια και η Λαμπηνή ήταν έδρα της περίφημης επισκοπής Λάμπης που υπήρχε ήδη από το 431 μ.Χ.
,
Παλαιοχριστιανική Βασιλική Βυζαρίου:
Βρίσκεται σε απόσταση 2χιλ. δυτικά του σύγχρονου χωριού Βυζάρι που απέχει από το Ρέθυμνο 41 χιλ. Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική του 7ου μ.Χ. αιώνα που καταστράφηκε από επιδρομή των Αράβων το 824 μ.Χ.
Άγιος Ευτύχιος στο Χρωμοναστήρι:
Στην περιοχή του χωριού Χρωμοναστήρι που απέχει 12 χιλ. από το Ρέθυμνο, στη θέση Περδίκη Μετόχι, βρίσκεται ο μονόκλιτος, σταυροειδής με τρούλο ναός του Αγίου Ευτυχίου. Πρόκειται για κατάγραφο ναό με τοιχογραφίες tου 11ου μ.Χ. αι.
Παναγία στο Θρόνος:
Μέσα στο χωριό Θρόνος Αμαρίου βρίσκεται η εκκλησία της Κοίμησης της Θεοτόκου του 14ου μ.Χ. αιώνα η οποία χτίστηκε πάνω παλαιοχριστιανική βασιλική του 6ου μ.Χ. αι., τμήμα των ψηφιδωτών δαπέδων της οποίας έχει αποκαλυφθεί. Ο τοιχογραφικός διάκοσμος της εκκλησίας ανήκει σε δύο περιόδους.
Αγία Παρασκευή στη Μονή Ασωμάτων:
Δυτικά της Μονής Ασωμάτων βρίσκεται η σταυροειδής με τρούλο εκκλησία της Αγίας Παρασκευής η οποία θα πρέπει να χτίστηκε γύρω στον 13ο αι. και να ανακατασκευάσθηκε τον 15ο ή 16ο. Στο βόρειο τοίχο του ναού υπάρχει τάφος με αψιδωτή κόγχη στο εσωτερικό της οποίας απεικονίζονται δύο μορφές με υψωμένα χέρια που με βάση την επγραφή πρόκειται για τους αδελφούς Θεόδωρο και Γεώργιο Χορτάτση.
