Βρίσκεται σε ύψωμα με πανοραμική θέα, πάνω από τον όρμο και τον παραθαλάσσιο οικισμό Μπαλί που απέχει 37 χιλ. από το Ρέθυμνο. Ονομάζεται και μονή Ατάλης από το βενετσιάνικο όνομα του παραθαλάσσιου χωριού που είχε προέλθει από μετατροπή του ονόματος της αρχαίας πόλης Αστάλης.
Σύμφωνα με επιγραφικές μαρτυρίες το μοναστήρι οικοδομήθηκε το 17ο αι., χωρίς αυτό να σημαίνει ότι δεν υπήρχε παλαιότερο στη θέση του. Το καθολικό της μονής είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη και εντυπωσιάζει η πρόσοψή του που παρουσιάζει έντονα στοιχεία αναγεννησιακής αρχιτεκτονικής.
Η μονή Ατάλης, λόγω της θέσης της και της γειτνίασής της με τον όρμο Μπαλί, διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην επανάσταση του 1821. Αργότερα ερημώθηκε και άρχισε να ξαναποκτάει ζωή μετά το 1982, οπότε και αναστηλώθηκε.
